วิหารพระแอด เรียกกันตามชื่อของพระพุทธรูปที่ประดิษฐานอยู่ภายในวิหารหลังนี้ คือพระกัจจายนะหรือพระสังกัจจายน์ หรือพระสภาเถระ แต่คนโดยทั่วไปเรียกกันว่า พระแอด ดังนั้นวิหารที่ประดิษฐานพระพุทธรูปองค์นี้จึงได้ชื่อว่า วิหารพระแอด สถานที่ตั้งอยู่ต่อกับวิหารสามจอมไปทางด้านเหนือ แต่เดิมนั้นวิหารพระแอดอยู่ภายนอกเขตพระระเบียงใกล้กับวิหารธรรมศาสลา ครั้นพระรัตนธัชมุนี (คุณฐาภรณเถร-แบน-เปรียญ) เป็นเจ้าอาวาสวัดพระมหาธาตุ ก็ได้ดําเนินการบูรณะพระแอดและสร้างวิหารพระแอดขึ้นใหม่ โดยผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดพระมหาธาตุ คือพระครูพุทธิสารเจติยาภิวัฒน์ หรือพระพุทธิสารเถระ (ผุด สุวฑฺฒโน) เป็นผู้อํานวยการ เมื่อสร้างเสร็จก็อัญเชิญพระแอดขึ้นไป ประดิษฐานที่วิหารหลังใหม่มาจนทุกวันนี้
